大學部

大學部以招收技職體系學生為主，教學方面延續實務之技能，加以學理之引導，強調理論之印證與應用，使學生畢業後能擔任工程規劃設計及管理之工作，乃至於升學繼續深造。

除了校訂共同必修外，專業課程分為必修與選修2大部份，專業必修涵蓋基礎課程及土木營建專業知識基本課程，選修部份則依課程專業屬性，分為結構工程、大地工程、材料施工、營建管理、建築工程及共同選修6大類，學生可依其興趣循序漸進，建立良好的專業知識背景。此外，大學部的專業選修課程特別著重理論與實務並重，並藉由1年實務專題的訓練，培養學生獨立自主處理工程問題的能力。

本系學生校外實習始於101學年度。學生校外實習分為2個時段：暑期產業實務實習（2學分）、學期產業實務實習（10學分）（於大學部四年級第2學期或碩士二年級第1學期），截至112學年度，本系已薦送211位學生至校外實習，參見🔗實習列表。

碩士班

碩士班分為結構工程領域（包含土木營建材料）、大地工程領域、及營建管理領域（包含建築工程與物業管理）。結構組之教學研究涵蓋結構工程或土木營建材料領域，大地組則著重大地工程理論與實務；營建管理組涵蓋營建管理、建築工程、物業管理及BIM應用領域。除了必備的專業課程外，各組亦配合教師的研究專長，開授特定專精課程。

碩士在職專班

碩士在職專班以營建管理為主、工程技術為輔，教學方向強調基礎理論學識訓練，講求理論與實務之結合，並強化學生溝通協調及問題發掘、分析與解決能力，以及培養資訊科技應用能力。

博士班

博士班可攻讀營建工程或營建管理專長，營建工程專長之教學研究涵蓋結構工程、營建材料、大地工程理論與實務；營建管理專長除營建管理課程外，亦開授建築工程及物業管理相關專業課程。

海峽專班

為拓展兩岸學術與文化交流，國立雲林科技大學營建工程系與福建工程學院合作辦理海峽工學院海峽專班，海峽專班土木工程系及工程管理系三年級學生來台研讀一年課程，修習理論與實務並重的土木工程及工程管理專業知識。本系提供優良的學習環境、兼顧學習與生活之雙軌輔導，讓海峽專班學生在臺灣一年的期間，不僅能致力於專業知識的學習，也能充分體驗台灣的學生生活型態。2012~2017年已有468位同學來台研讀。