為拓展兩岸學術與文化交流，國立雲林科技大學營建工程系與福建工程學院合作辦理海峽工學院海峽專班，海峽專班土木工程系及工程管理系三年級學生來台研讀一年課程，修習理論與實務並重的土木工程及工程管理專業知識。本系提供優良的學習環境、兼顧學習與生活之雙軌輔導，讓海峽專班學生在臺灣一年的期間，不僅能致力於專業知識的學習，也能充分體驗台灣的學生生活型態。2012~2017年已有468位同學來台研讀。
國立雲林科技大學營建工程系為海峽專班學生提供一年期的客製化課程安排，每學期開授8~9門課(含專題研討)，與其海峽工學院一二年級及其後之四年級課程無縫接軌，提供完整且豐富的學習歷程。課程內容涵蓋結構、大地、材料、施工、建築、營建管理等領域，授課教師皆為本系之博士教師，且八成以上教師均有工程實務經驗，故多能結合理論與實務，提供優質的教學品質。
| 上學期 | |||
|---|---|---|---|
| 工程項目管理專題演講 | 工程項目進度控制 | 土木工程施工技術 | 運籌學 |
| 建築資訊模型 | 工程財務 | 智能建築 | 工程風險與保險 |
| 下學期 | |||
| 營建國際市場分析 | 建設工程合同管理 | 工程項目成本管理 | 高層建築施工技術 |
| 工程管理系統設計 | 設施維護管理 | 鋼結構 | |
海峽專班的運轉由本校工程學院負責行政協調與管理相關事務，協助學生入學後儘速認識學校學習環境及相關學則規定。營建工程系負責教學與輔導等相關事務，本系設有一名專任助理負責辦理海峽專班土木工程系及工程管理系學生之各類行政事務，各班並設有班主任一名，負責統籌該班之教學與輔導相關事務。為銜接學生學習、文化及食衣住行等差異，營建工程系亦實行導師制度，將海峽專班學生、本系臺灣學生與國際交換生混合分組，由導師共同協助輔導學生學習與生活方面的各項問題，亦可增進兩岸學生間之相互交流與學習。
海峽專班每門課程均設有教學助教一名，協助教師教學、輔導學生學習、並記錄管理學生的學習成效與態度。本系亦特別提供學生晚間自修之教室，供專班學生研習討論之用。平日除了課堂教學外，也安排學生至工程現場、顧問公司等進行實地參訪，瞭解工程實務以增進其理論與實務並重之學習效益。除教學活動外，本校國際事務處亦會安排交流活動，讓海峽專班的學生有機會了解臺灣各地之風土民情文化與文化，並有機會與國際學生認識交流。
海峽專班專任助理會定期訪視海峽專班學生的住處，瞭解其生活狀況，並提供必要的協助，使學生能順利適應異地的住宿生活。
